Właściwa historia szkoły rozpoczyna się w 1949r, kiedy to powołano do życia jednostkę oświatową o nazwie: Szkoła Podstawowa i Liceum Ogólnokształcące z Białoruskim Językiem Nauczania w Hajnówce. Warto nadmienić, że szkół z językiem białoruskim było wtedy w Polsce około 50 (w tym dwie średnie). Siedzibą szkoły w Hajnówce był budynek przy ul. Piłsudskiego 3, wybudowany w 1936 r. na potrzeby szkoły podstawowej, która działała do roku 1965 (z przerwą w okresie 1941-1944). W roku szkolnym 1944/45 funkcjonowało tu także Białoruskie Gimnazjum Państwowe.
Początkowo liceum liczyło tylko 4 oddziały. Od września 1963 r. zaczęto wprowadzać drugi ciąg klasowy. Szkoła zaczęła nabierać swoistego charakteru także dzięki otrzymaniu Sztandaru, co miało miejsce 19 kwietnia 1964 r. Zaczęło przybywać również uczącej się młodzieży, a to dzięki zorganizowaniu w 1988 r. trzech klas pierwszych. W roku szkolnym 1993/94 klas takich było już 4, a w następnym roku 5. Ważnym elementem życia szkoły była i jest działalność artystyczna. Działalność taka nabrała bardziej zorganizowanego charakteru począwszy od roku szkolnego 1972/73, kiedy to powstał dziewczęcy zespół wokalny, który, poza imprezami szkolnymi, uczestniczył także w przeglądach piosenki białoruskiej. Od roku szkolnego 1979/80 działają już w szkole dwa zespoły: wokalny "Dziewczęce nutki", i wokalno instrumentalny. Ostatniemu z wymienionych nadano nazwę "Hajton", a po odnowieniu składu - "Hajton 2". "Hajton 2" zajął I miejsce na centralnym przeglądzie piosenki białoruskiej w Białymstoku, był też gościem festiwalu piosenki ukraińskiej w Gdańsku. Spadkobiercą tych tradycji stał się zespół "Zniczka" działający od roku szkolnego 1995/96.
Ważne miejsce w życiu liceum zajął także sport. Przyczynił się do tego szczególnie nauczyciel wychowania fizycznego Mikołaj Wróblewski. Zorganizowana przez niego drużyna siatkarek znalazła się w czołówce województwa (I miejsce w roku szkolnym 1966/67), a nawet zaczęła liczyć się w kraju (III miejsce w Półfinałach Mistrzostw Polski w Lublinie w roku szkolnym 1970/71).
Aby szkoła mogła funkcjonować dobrze, muszą kierować nią odpowiedzialne osoby. Odpowiedzialność ta spoczywała (i spoczywa) na kolejnych dyrektorach liceum. Byli nimi kolejno: Bazyli Litwińczuk (do 1950 r.), Sergiusz Soroka (do 1957 r.), Anastazja Tropak (do 1968 r.), Aleksander Iwaniuk (do 1971 r. i w latach 1981-1991), Włodzimierz Stepaniuk (do 1981r.), Bazyli Bazyluk (od 01.03.1972 r. do 31.08.1972 r.), Bazyli Dąbrowski (1991-1992) i Eugeniusz Saczko (od 1992 r.).
Za kadencji dyrektora Aleksandra Iwaniuka, w 1985 r., odbył się pierwszy zjazd absolwentów. Ważny dla szkoły był rok 1991, kiedy to nastąpiła znacząca wymiana kadr. Na emeryturę odeszło 10 nauczycieli (wraz z dyrektorem). Ich miejsce zajęli młodzi pedagodzy, będący w większości absolwentami tego liceum. Wymiana kadr zaznaczyła się także na zewnątrz - poprzez rozpoczęcie budowy nowego obiektu dydaktycznego (obok starych pomieszczeń). Oddano, go do użytku już w 1993 r. W budynku tym w jesieni 1994 r. rozpoczęła działalność szkolna stołówka. W roku szkolnym 1996/97 szkoła wzbogaciła się o nową salę gimnastyczną.
Udostępnienie nowego budynku dało szkole możliwość zwiększenia liczby oddziałów, a to z kolei pozwoliło na zorganizowanie klas profilowanych. Już w roku szkolnym 1993/94 wprowadzono profil biologiczno-chemiczny, w roku szkolnym 1994/95 uzupełniono go profilem matematyczno-fizycznym, a w roku szkolnym 1997/98 - humanistycznym. W związku ze wzrostem liczebności oddziałów w 1996 r. wprowadzono w szkole stanowisko zastępcy dyrektora.
Rok 1993 to także początek działalności w szkole Klubu Spraw Białoruskich, zorganizowanego przez nauczyciela historii i przewodniczącego Związku Białoruskiego w RP Eugeniusza Wappę.
Na przeciągu swego istnienia szkoła dopracowała się laureatów olimpiad przedmiotowych: z języka rosyjskiego (po raz pierwszy w roku szkolnym 1974/75), wiedzy o Polsce i świecie współczesnym (1983/84), języka niemieckiego (1986/87), matematyki (1987/88) i języka białoruskiego (po raz pierwszy w roku szkolnym 1995/96).
